洋葱电视台以新闻播报准确及时而著称，同时还制作许多专题采访节目，比如采访动作明星“击蛋侠”（史蒂文•西格 Steven Seagal 饰）和清纯流行偶像歌手梅丽莎•雪莉（莎拉•迈克埃利戈特 Sarah McElligott 饰）等。随着美国的全球性文化输出，就连在中东恐怖分子集训营受训的恐怖分子也偷看洋葱电视台的节目。电视台的新闻主播诺姆•阿彻（莱恩•卡利欧 Len Cariou 饰）反对高层与大公司合营的决定，尤其对新闻播报时插播玩具企鹅的广告不满。忍无可忍的诺姆决定在某次直播过程中宣布自己深思熟虑的宣言，但就在开口之际，洋葱电视台突遭恐怖分子袭击，诺姆被挟持，事态严峻。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
驻南美某国日本大使馆，大使黛竹千代（松本幸四郎 饰）为人冷酷严厉，奢华无度，他利用职权之便大肆敛财，引得当地民众怨声载道。适值外务大臣即将来访的重要时刻，作为参事的川北健（及川光博 饰）不愿再涉足泥潭，准备召开媒体恳谈会将大使的罪行公布于众，他也由此引来杀身之祸。与此同时，刚巧来南美洲度假的古畑任三郎（田村正和 饰）因护照被猴子偷走而被迫滞留，所幸遇到了无处不在的花田（八岛智人 饰）而暂得栖身之地。不久之后，绑架川北的勒索信函送至，但是这封疑点重重的勒索信马上便引起古畑刑警的怀疑…… 本片为《古畑任三郎》系列第五部SP。
内详
火、水、风、土、和空气，生命五种核心元素曾经注入在一本书--命运之书。黑暗笼罩了大地，需要借助笔和书的力量，但这本书却失踪了，人们以为它永远消失了，但数百年后却又再度出现……
