影片剧情围绕X战警中最受欢迎成员之一的琴·葛蕾展开，讲述她逐渐转化为黑凤凰的故事。在一次危及生命的太空营救行动中，琴被神秘的宇宙力量击中，成为最强大的变种人。此后琴·葛蕾不仅要设法掌控日益增长、极不稳定的力量，更要与自己内心的恶魔抗争，她的失控让整个X战警大家庭分崩离析，也让整个星球陷入毁灭的威胁之中。《X战警：黑凤凰》是迄今为止气氛最紧张、情感最丰富的一部《X战警》电影，是《X战警》系列20年来的集大成之作，大家非常熟悉和热爱的变种人大家庭即将面对最为强大的敌人——而她恰恰还是他们中的一员。
青年情侣亚历克斯（杰夫·鲁普 Jeff Roop 饰）和珍（梅西·帕瑞格兰 Missy Peregrym 饰）相约来到一处偏远的山区丛林度假，他选择了充满惊喜的黑脚线路，在远离城市喧嚣的静僻所在，他们品味到珍贵难得的快乐。然而凡事总无法达到完满，第一晚毫无心机的珍与陌生人布莱德（艾里克·巴弗尔 Eric Balfour 饰），让偶然撞见这一幕的亚历克斯心生不快。晚餐在尴尬压抑的气氛中完成，所幸他们最后总算送走了布莱德。只不过霉运似乎就此跟上了这对情侣，夜晚传来的恐怖声响，帐篷外被粗暴折断的树枝，以及因自身原因造成的各种突发状况，都将他们推向了万劫不复的深渊…… 本片根据真实事件改编。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
一个男人（浅野忠信饰）因无法忍受妻子（橋本麗香饰），处心积虑将其“杀害”后抛于荒野，可是每次回到家后，妻子都像没事人一样待着。 催眠师（阿部寛饰）和CM广告设计师洋子（小泉今日子饰）是一对恋人，洋子的设计灵感常常前卫得让人难以理解，虽然常常被男友打趣，她还是走自己的路。 催眠师在一次公开表演时，从观众中挑选中年上班族小林（岸部一徳饰）为催眠对象，成功地使其认为自己是鸟，不料高潮时刻，突然跑出一名杀手（Vinnie Jones饰），解咒的催眠师被杀，小林从此活在潜意识里。 上天的安排，将原本无甚关联的人和事串在了一起……
夜幕降临，某集团大厦内发生入侵事件，机动部队幽灵小组在丹尼尔·莱特（杰森·康纳利JasonConnery饰）的率领下潜入大厦，与犯罪分子展开激烈的交火。行动中，丹尼尔遭到拥有蛇皮的仇家袭击，大厦最终被炸得粉碎。原来袭击者名叫爱德华（DanielGoddard饰），是丹尼尔妻子安的弟弟。为了拯救被全身烧伤的姐姐，爱德华一直致力于干细胞皮肤再造的研究，实验眼看就要取得成果，结果却被政客切断资金，该事件也导致安不幸丧命。侥幸捡回一条命的丹尼尔被送入医院紧急接受治疗，但是爱德华并未打算饶了他，反而率领手下追踪至此。令这个丧心病狂的恶魔想不到的是，他无意中将丹尼尔变成了拥有超人能力的光速侠……
Charlie, forced to reevaluate her all-female mechanic shop, unknowingly confides in her online confidant Beau, who turns out to be her real-life business rival, their connection blossoms amidst professional rivalry.
