27年前,孟买陷入毒品泛滥的境况。毒贩哈里不仅嫁祸纵火杀死了17名博里瓦里警察,还导致警察的声誉一落千丈。为了重振警界形象,中央政府派遣了阿迪亚(拉吉尼坎塔 Rajinikanth 饰)作为孟买的警察专员。阿迪亚上任后,通过强硬手段整顿警察队伍,严厉打击黑恶势力和贩卖妇女儿童的行为。阿迪亚巧妙安排让泰国警方逮捕了毒贩维诺德的儿子,并迫使毒贩杀死了自己的儿子。 实际上,被杀的儿子并非维诺德的亲生子,而是毒贩哈里的儿子。因此,哈里开始报复并杀害了维诺德,同时撞车致使阿迪亚的女儿瓦丽死亡。阿迪亚找不到报复的对象,陷入疯狂状态,开始杀害多人。人权署官员向上级报告,法官建议解除阿迪亚的警察专员职务。然而,阿迪亚向法官证明他的行为符合警察职业的规范,并得到了认可。
谁都无法想到,外表美丽可爱的安秀智(金荷娜 饰)竟是一名有着六年工作经验的资深情报人员。鉴于职业的敏感性,连秀智的男朋友李在俊(姜志焕 饰)也不知道女友的真实身份,也因此两人误会丛生。即使在俊即将前往俄罗斯留学之际,秀智依旧为抓捕罪犯无暇他顾,两人的恋情就此定格。 三年时光转瞬即逝,从俄罗斯学成归国的在俊如今是一名国际会计师,而他的真实身份竟也是一名情报人员。刚刚入行不久的他纰漏不断,此时他奉命回国调查某俄罗斯黑帮分子。因缘巧合,他邂逅伪装成清洁工的秀智。两人不知道对方的身份,更不知道他们执行的是同一桩任务……
1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子 饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二 饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸 饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬 饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧,五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾,一路无视特生自卫队的攻击来到了品川,令城市变成了一片火海。面对如此情景,五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉,机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
20世纪60年代,美国的势力向亚洲渗透,为此政府实行的一项绝密计划——战士再造计划,通过药物注射等手段将士兵大造成冷血无情、实力强悍的超级战士。随着技术不断改进,在罗伯特·柯林博士的主持下又开启了白塔计划,成功打造出更为完美的第二代超级战士。然而一次意外后12名二代战士逃亡,而涉嫌叛国的柯林博士也被驱逐