会突然出现接二连三的反常现象：人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等等，这一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？人类世界能否回归和平？带着这一系列的疑问，斗龙战士们，开启新的旅程吧!
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
故事背景从宏大的江湖庙堂转移到热闹平凡的市井街坊中，沈剑心受掌门李忘生之邀，前往长安城筹建长安纯阳办事处，靠摆摊算卦营业维生。在这“长漂”的日子中，沈剑心不再是拥有主角光环名扬四海的江湖大侠，因为一些对世情的错误认知以及对当下环境的判断不足，导致了一系列稀奇古怪的趣事。就像许许多多个奋斗在大城市的年轻人一样，虽过着喜忧参半的“长漂”日子，但依旧乐观、励志、充满侠义精神。
成为女王的梦想、将来的梦想，都不想放弃！将一生赌在这一瞬间上——高中2年级的夏天，千早所在的歌留多部与新入部员一同在全国大赛中出场。在团体战中击败了常胜校·富士崎高中，瑞泽高中获得期待已久的初次优胜，而个人战中太一和新也获得了B级和A级的优胜。千早在团体战中受伤的右指的手术也顺利结束，和太一一起参加了富士崎高中的夏季合宿。对顾问樱泽老师的斯巴达指导毫不在意，以名人·女王战为目标努力练习，但就在此时，他们得知了让出场变得危险的某个事实……另一方面，新了解到拥有团队可以扩展歌留多的可能性，于是他开始准备创立歌留多部.新的对手登场，今后的出路，成为女王的梦想……纯正的高中生一心一意的心念和热情满溢而出的第3期开幕！
