九十年代初期，一场离奇的爆炸让正在从事军事研究的化学工厂化为废墟，三名“军事试验品”从实验室中逃离，下落不明。因为这三名实验品是极度危险的不安定份子，于是中共中央派出了人造人聂玲（杨丽菁 饰）追查他们的下落。 传闻香港屡屡发生抢劫案，犯案的是三名神秘人，和失踪的三个实验品有着极高的相似，于是，聂玲来到了香港，开始她的围剿行动。香港方面，警方派出了尹秋水（万梓良 饰）加入了围剿行动。在一次交锋中，尹秋水为了救名叫小雪（朱茵 饰）的女孩而被聂玲的失忆枪打中，之后，聂玲又被尹秋水误伤。
一个邪恶的邪教头目将他的邪恶力量与一只史前恐龙结合起来，向摧毁他信徒的社群寻求复仇。
守正（邱淑贞 饰）是一名警察，最经，一个噩梦常常在午夜困扰着她，梦中，被残忍杀害的女子和诡异的现场成为了守正心头挥之不去的阴影。一次行动中，守正奉命追捕一名逃犯，在此过程中，对使用枪械一无所知的守正竟然精准的开枪击中的匪徒，之后眼前出现的场面让守正绝望的意识到，她的噩梦成为了现实，一场和宗教有关的连环杀人案正在城市里默默的进行着。 巫铁男（甄子丹 饰）和守正成为了此案件的负责人，他们设计企图将凶手捉拿归案，却反而遭到暗算，女警莉奥（梁思敏 饰）亦成为了牺牲品。与此同时，守正发现了多年前失踪的父亲的踪迹，这让守正开始明白，周遭所发生的一切，和自己的身份与过去有着千丝万缕的关联。
康熙晚年，众太子觊觎帝位，其中四太子胤祯与十四太子胤禵相争最激烈。康熙预立密诏传位于十四子，胤祯乃命年羹尧设法篡位于十四子，胤祯后以大将军职位。年助雍正得帝位后，受命西征，战无不胜，声名远播，雍正引以为忧，乃借机于一日之内连年羹尧十八级，由大将军降为城门的“外委把总”。年与志士密谋起义，却因事泄络被雍正所杀。
有貞因為丈夫的錯誤失去了孩子，明子遭到外遇的丈夫誣告而被迫離婚，兩個婚姻不幸的女人偶然相遇相知，復仇的種子也開始在她們心中發芽。當憤怒的女人得知所有秘密和真相，她們決定以鮮血向丈夫討回公道，賭上性命也...
驻南美某国日本大使馆，大使黛竹千代（松本幸四郎 饰）为人冷酷严厉，奢华无度，他利用职权之便大肆敛财，引得当地民众怨声载道。适值外务大臣即将来访的重要时刻，作为参事的川北健（及川光博 饰）不愿再涉足泥潭，准备召开媒体恳谈会将大使的罪行公布于众，他也由此引来杀身之祸。与此同时，刚巧来南美洲度假的古畑任三郎（田村正和 饰）因护照被猴子偷走而被迫滞留，所幸遇到了无处不在的花田（八岛智人 饰）而暂得栖身之地。不久之后，绑架川北的勒索信函送至，但是这封疑点重重的勒索信马上便引起古畑刑警的怀疑…… 本片为《古畑任三郎》系列第五部SP。
