九十年代初期，一场离奇的爆炸让正在从事军事研究的化学工厂化为废墟，三名“军事试验品”从实验室中逃离，下落不明。因为这三名实验品是极度危险的不安定份子，于是中共中央派出了人造人聂玲（杨丽菁 饰）追查他们的下落。 传闻香港屡屡发生抢劫案，犯案的是三名神秘人，和失踪的三个实验品有着极高的相似，于是，聂玲来到了香港，开始她的围剿行动。香港方面，警方派出了尹秋水（万梓良 饰）加入了围剿行动。在一次交锋中，尹秋水为了救名叫小雪（朱茵 饰）的女孩而被聂玲的失忆枪打中，之后，聂玲又被尹秋水误伤。
驻南美某国日本大使馆，大使黛竹千代（松本幸四郎 饰）为人冷酷严厉，奢华无度，他利用职权之便大肆敛财，引得当地民众怨声载道。适值外务大臣即将来访的重要时刻，作为参事的川北健（及川光博 饰）不愿再涉足泥潭，准备召开媒体恳谈会将大使的罪行公布于众，他也由此引来杀身之祸。与此同时，刚巧来南美洲度假的古畑任三郎（田村正和 饰）因护照被猴子偷走而被迫滞留，所幸遇到了无处不在的花田（八岛智人 饰）而暂得栖身之地。不久之后，绑架川北的勒索信函送至，但是这封疑点重重的勒索信马上便引起古畑刑警的怀疑…… 本片为《古畑任三郎》系列第五部SP。
