1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
女主马卡蕾娜是一个为爱奋不顾身的女人，爱上不该爱的人— 她的老板, 被其指控犯有诈骗，携款潜逃等多项罪名，被关进了南科鲁兹私人监狱.。本剧讲述了她在狱中复杂的人际关系，与对头祖蕾玛，室友所蕾莉斯还有狱警法比奥等等，交织出了一张爱恨情仇的大网。
元朝灭亡后，经过长达十五年征伐兼并，草莽英雄朱元璋（唐国强 饰）终于打败最后一个强劲对手张士诚，在虎踞龙蟠的应天府开创了大明江山的雄伟霸业。这期间刘基、常遇春、徐达等开国将领自然功不可没，而大脚皇后马秀英（吕丽萍 饰）更为朱氏王朝的霸业起到了不可忽视的作用。但是天下初定，乱流湍急，张士诚的女儿、元王朝遗孤、当朝宰相胡惟庸等各方势力和人物时刻威胁着朱元璋的政权和性命。一向大大咧咧、刚愎自用的朱元璋无法及时察觉暗中进行的野心阴谋，好在马皇后心思缜密，从中周旋，化解了无数的危机。 这对吵吵闹闹的夫妻，将携手奠定明王朝的千秋国基……
故事发生在美丽的西南边陲。由罪恶、阴谋、美色、金钱和暴力编织的黑色网络一次又一次被年轻的边防缉毒战士撕毁。即使是曙光初照的黎明，为人类健康和尊严而战的硝烟仍远未散尽…… 高松是南疆边防支队调研参谋，朱镇疆是边防支队副支队长。在一次临时决定的紧急抓捕行动中，由于准备不充分，使境内头号毒枭马远从暗道逃脱，而且有两名战友在战斗中牺牲。高松因此受到上级调查局的怀疑，心理压力很大。情同兄长的朱镇疆毅然为高松承担了全部责任。 朱镇疆平静地脱下军装，转业到了地方的计生委。壮志未酬的朱镇疆感到分外失落，但他极力掩盖着，俨然以一位永不服输的硬汉姿态配合总队继续他一生为之奋斗的缉毒事业。 高松和吕跃既是战友又是情敌。两个男人如何面对情场战场的两难选择？方红原来以为高松会为了她改变自己，没想到职业在高松心里是第一位的，她很失望。 马远出境后投靠了地方军阀勐哈拉，他认为朱镇疆转业对自己开展业务很有利，因为朱镇疆对贩毒缉毒太熟悉了。 总队通报目前贩毒活动猖獗，内地查获几起特大贩毒案，毒品都是从云南入境的。毒贩作案手段扑朔迷离，支队每每在关键时刻失手。虽然侦破了几次马远策划的贩毒活动，但并未能摸到马远集团的核心。 风情万种的郭春主动投入高松的怀抱，却原来是为能争得报十年前杀父之仇的点点机会。朱镇疆的种种行为更令高松深感震惊，难以相信。他日渐消沉，喝酒赌博，终于被勒令转业。由此引出了真假莫辨的连环卧底，刀光剑影中英雄气短，儿女情长。 经过痛苦的选择，忠诚战胜了感情。高松借卧底身份，找到毒枭接头的地点。当高松终于一步步逼近事实真相，又一步步陷入险境时，朱镇疆以死结束了他挑战人性的使命，也结束了他给徒弟高松的最后一课。
