从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
东京都高度培养高中，以百分之百的升学率和就业率为自豪，是一个梦幻般的学校，每月发放相当于10万日元的金钱点数。然而，其实际情况是一所实力至上主义的学校，只有少数成绩优秀者才能享受优厚待遇。进入第三学期，从D班晋升到C班的绫小路们前往林间学校。在那里，进行的是被称为“混合合宿”的全年级联合进行的特别考试。正如其名，男女分开，必须组成几个混合多个班级的小组，并以小组为单位进行评分的考试。迄今为止与其他班级的学生作为敌人争斗的他们，必须与他们合作才能获得高分，而且最重要的是，不能达到边缘线的小组将有人退学，这一规定让所有人都感到不安。激动人心的第三学期引起了波澜，现在正式拉开帷幕！
