1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
民国初年，有个小镇以贞节牌坊出名，从进村的道路几步一牌坊，全是历代贞烈妻子的荣耀。名门之女夏梦寒（刘雪华饰）错嫁纨裤子弟曾靖南，谁料丈夫婚后拈花惹草令温婉的梦寒以泪洗面。曾家义子雨杭（钟镇涛饰）...
1937年淞沪抗战爆发，战火迅速蔓延至苏州。珠宝商方元的太太及女儿在一次汉奸的破坏行动中被炸身亡，为报血海深仇，方元舍弃家业而走上抗日之路，开始了独自刺杀汉奸的复仇行动。在铲除“汉奸”头子——女医生陈如歌时，方元隐隐感觉陈如歌并非汉奸，二人随即陷入汉奸设置的重重危机，从而刺杀变成了保护。其后在陈如歌的帮助下，方元加入了中国共产党领导的抗日队伍，并在抗日救国行动中与陈如歌相知、相爱。二人的爱情历经战火洗礼，经过几次生死离别之后，方元与陈如歌在工作中产生误会，导致二人情感破裂，在感情路上分道扬镳。但二人共同的爱国、救国情怀令他们彼此挂念，最终在抗日战争全面胜利之时重新走到一起，携手迎接新中国的到来。
中医药大学教授任新正（吴刚 饰）致力于广传中医，他辞职创办中医传承班，希望培养出真正能将中医之道传承下去的接班人。混不吝孙头头（赵露思 饰）也意外加入师承班，与任新正的儿子任天真（罗一舟 饰）水火不容，与律师转行的杨小红（张萌 饰）、三甲医院儿科医生彭十堰（周澄奥 饰）、背负全村的期望想成为名医的赵力权（朱俊麟 饰）等一众学生也是格格不入。 这群带着各自疑问而来的学生，跟着发大愿的任新正、宋灵兰（江珊 饰）等师长，在一地鸡毛中向着传承道统的方向砥砺前行，以后浪之姿学习传承中医传统文化。
