顺治皇帝福临（邓超 饰）少年在摄政睿亲王多尔衮和母亲孝庄太后（潘虹 饰）的一手扶持下登上皇位，整个少年时期都笼罩在多尔衮专制的阴影下，虽空有一身的抱负理想，却处处受限无法施展。命运被摆布于他人之手的福临在登基八年之际，自己的婚姻甚至也在孝庄皇后一手包办下完成，被迫迎娶了表妹博尔济吉特氏（郝蕾 饰）为皇后。而皇后高傲善妒的性子和年少的皇帝处处冲突，福临本就不喜欢自己的表妹，因此更加冷落了她。机缘巧合的福临认识了才女乌云珠（霍思燕 饰），对其渐生真情却因为自己的轻率而错失心爱之人，误把乌云珠捧手让给了弟弟果郡王博果尔为妻。而后少年皇帝以切磋文墨为由多次召见已是王妃的乌云珠，感情日深的二人终于再也无法脱离这早已身陷泥泞的爱情中，顺治帝力排众议，顶着多方压力迎娶了他的弟妻。但是甜蜜的生活没有持续多久，违背常伦已是让这段感情备受争议，而顺治帝对乌云珠的专宠更是引来了他人的因妒生恨。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
内详
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
在第二季中，故事继续双线并进。在1945年的大阪，善慈被迫在二战期间为家人的生存做出危险的决定。而在1989年的东京，白所罗门从头探索全新的开始。
